免疫系统是身体健康的保卫系统，而肠道则是身体的免疫器官和排毒器官。身体约70％的免疫细胞都来自于肠道，肠道免疫功能在动物胎儿时期开始逐渐建立形成，应从母代开始预防。

1、肠道的免疫功能
肠道黏膜是动物体内最大的黏膜免疫器官。机体有70％的感染发生在黏膜上。黏膜接触抗原后局部可产生各类抗体并分泌于分泌液中，其中起防御作用的是免疫球蛋白A(SIgA)。SIgA存在于肠道、呼吸道、鼻腔等表面黏膜，是分泌型免疫球蛋白，对机体局部免疫及保护呼吸道黏膜有重要作用。可阻止或抑制病原微生物粘附，可与溶菌酶共同作用溶解细菌、中和病毒以及免疫排除作用。支原体主要寄生于呼吸道上皮细胞但不进入血液，引起呼吸道纤毛脱落，肺部粘液无法排除，继而加重呼吸道病情。肠道黏膜和呼吸道黏膜产生的SIgA抗体具有阻止支原体吸附的作用。 
肠道功能与局部(滴鼻)免疫也有着重要联系。滴鼻免疫可封锁感染路径且不受母源抗体干扰，是近年来免疫猪伪狂犬疫苗(gE基因缺失株)、蓝耳病疫苗(R98株)等免疫的重要手段。SIgA和微褶皱细胞(M细胞)在局部免疫中发挥重要作用。M细胞是散布肠道黏膜上皮细胞间的特化的抗原运转细胞，其作用是通过运输抗原和微生物至基底淋巴细胞组织而激发免疫反应。M细胞将抗原传给巨噬细胞，然后提呈给T细胞和SIgA—B细胞，引起免疫反应。肠道细菌能通过黏膜屏障易位固有层与免疫细胞相互接触，激活穿越上皮细胞的运输通路和持续刺激黏膜免疫系统。M细胞和SIgA的产生依赖自身、本原健康的肠道菌群和黏膜组织。
肠道具有免疫作用和吸收作用。母猪的肠道免疫功能与下代有遗传联系和供长特性。即使胎儿阶段肠道是无菌的，但后天建立的肠道菌群取决于胚胎时期肠道的健康形成。现代化养猪生产中较大的障碍是便秘，便秘可直接造成母猪情绪低落、采食量低、泌乳量少、产程长、不发情等繁殖问题。便秘过程中，肠道在吸收营养的同时吸收宿便中的的毒素，导致肝脏中毒和肾脏的排毒障碍，毒素随之进入血影响母乳的乳质，哺乳仔猪腹泻的治疗难度增大，畜主在患有便秘的病猪的馈料中添加钠、钾等盐类轻泻剂防治，虽然有效但损害猪的肠道免疫功能，导致猪的消化功能紊乱。
2、肠道菌群的调整
肠道菌群失衡可导致便秘、腹泻甚至腹泻和便秘交替的肠应激综合征。有益菌分为原籍菌和外来菌，原籍菌就定制力能够长期粘附在肠道黏膜上，而外来菌在肠道内不具有定制力，在肠道内存活时间一般不超过7天。有益菌是按照属、种、株3个层次划分的，每种动物肠道内的有益菌群结构都不尽相同，找到适合猪肠道菌群生长的有益菌来补充可用于暂时辅助性调节肠道菌群失衡。市场上虽然有很多含有益菌类的饲料添加剂，但并非都具有调节肠道菌群的功效。因为胃酸具有很强的杀菌功能，90％益生菌在经过食道、胃部时会被杀死，剩余的益生菌能到达肠道。无论是便秘或腹泻所引起的肠道菌群失衡对肠道健康都有着不可逆转的伤害。